Sword Art Online: Unanswered//butterfly xoay quanh một vụ án mạng bí ẩn xảy ra tại Tầng 3 của tòa thành Aincrad, nơi Kirito (Hắc Kiếm Sĩ) bất ngờ bị cáo buộc trở thành một PKer (Player Killer - kẻ sát hại người chơi khác) mang con trỏ màu cam tội phạm. Câu chuyện đóng vai trò là phần tiền truyện/hậu truyện kết nối trực tiếp với dòng thời gian của tựa game Echoes of Aincrad.