Sau khi trận chiến cha con vĩ đại nhất thế giới kết thúc, Baki và các võ sĩ huyền thoại khác cảm thấy vô cùng nhàm chán. Trong khi đó, ở độ sâu 364 mét bên dưới Tháp Tokyo Skytree, một kế hoạch bí mật được triển khai nhằm hồi sinh kiếm sĩ bậc thầy Miyamoto Musashi… Được giải phóng vào thời hiện đại, mối đe dọa mới đáng sợ này sử dụng kiếm thuật của mình với sức mạnh và tốc độ chưa từng có để tấn công Baki và những người khác.